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衡陽市疾病預防控制中心是于2003年由原衡陽市衛生防疫站與原衡陽市職業病防治院整合組建而成，是政府設置的一所集疾病預防控制、衛生監測檢驗、職業病防治、健康教育、大眾衛生技術服務與全市疾控工作管理指導為一體的國家一類公共衛生機構。主要職責是：疾病預防與控制；突發公共衛生事件應急處置；疫情及健康相關因素信息管理；職業病防治；健康危害因素監測與干預；實驗室檢測檢驗與評價；健康教育與健康促進；食品安全風險監測與評估；公共衛生技術管理與應用研究指導；科研、培訓及教學等。

按照國家建設規范，現有在職職工191人，專業技術人員181名，其中高級職稱29人，中級職稱55人。碩士研究生14人，本科111人。中心現設內設機構20個。

衡陽市疾控中心建有理化實驗室、微生物實驗室、百級潔凈實驗室、萬級潔凈實驗室、二級生物安全實驗室（BSL-2實驗室），建立了國家級流感網絡實驗室、國家級艾滋病初篩/確證實驗室、省級麻疹實驗室、省級霍亂實驗室、禽流感檢測、分子生物學、病毒和食源性疾病分離鑒定等專業實驗室。擁有電感耦合等離子體質譜儀（ICP-MS）、氣相色譜質譜儀、超高效液相色譜儀、離子色譜儀、原子吸收儀、全自動凝膠凈化定量濃縮系統、實時熒光PCR儀、全自動凝膠成像儀、全自動多重核酸蛋白分析儀、全自動微型熒光免疫分析儀、PFG1分子分型系統、全自動蛋白印跡儀、病毒載量儀、流式細胞儀等儀器設備。獲得湖南省檢驗檢測機構認定資質和湖南省職業衛生技術服務機構乙級資質。能開展理化、微生物學、血清學、病毒載量、霍亂毒力基因和分子生物學等方面的檢測檢驗；提供食品衛生、環境衛生、職業衛生、放射衛生、化妝品、生活飲用水及涉水產品、消殺滅產品、一次性衛生用品、其他化學品、疾病防治方面等各種檢測檢驗、評價和職業病危害衛生學評價、放射性職業危害衛生學評價等技術服務。是全市800萬人民的健康衛士。

衡陽市疾控中心致力于不斷提升服務能力，提高服務質量，加強業務管理，深入開展疾病預防控制和公共衛生領域的科學研究，以促進經濟社會可持續發展為己任，竭盡全力地為提高全市800萬人民群眾健康水平和生命質量，為構建和諧社會作貢獻。