1986年，祁東縣11個區、1個區級鎮、1個區級林場和61個鄉鎮。其中洪橋區轄青山、洪豐、洪橋、白鶴鋪、馬頭、紫沖等6個鄉，金橋區轄金橋鎮、新橋頭鄉、官山鄉、鳴鹿鄉、羅云鄉等5個鄉鎮，河洲區轄河洲鎮、五家圍鄉、樟木塘鄉、糧市鄉等4個鄉鎮，歸陽區轄歸陽鎮、丁字鄉、鳥江鄉、三沖鄉、七碗鄉等5個鄉鎮，過水坪區轄過水坪鎮、百吉鄉、會塘鄉、姊妹嶺鄉、大同市鄉、大興鄉等6個鄉鎮，雙橋區轄雙橋鎮、金盆鄉、大云市鄉、靈官鄉等4個鄉鎮，白地市區轄白地市鎮、風石堰鎮、元里坪鄉、花屋鄉、毛坪鄉、楓樹山鄉、萬福嶺鄉、馬杜橋鄉等8個鄉鎮，黃土鋪區轄黃土鋪鎮、官家嘴鎮、三星鄉、石亭子鄉、梅塘鄉、上升鄉、草源沖鄉等7個鄉鎮，步云橋區轄步云橋鎮、攸陂鄉、雙江鄉、磚塘鄉、 包圣殿鄉、喬木堂鄉、拔茅沖鄉等7個鄉鎮，蔣家橋區轄蔣家橋鎮、祖山灣鄉、小坪鄉、鳳歧坪鄉等4個鄉鎮，太和堂區轄太和堂鎮、紫云橋鄉、羅口町鄉、三口灣鄉、城連墟鄉等5個鄉鎮，城關鎮為區級鎮，四明山林場與四明山鄉合一。  

1990年，湖南省民政廳批準：丁字鄉福羅村劃歸歸陽鎮；撤銷白鶴鋪鄉，設白鶴鋪鎮；撤銷靈官鄉，設靈官鎮；撤銷鳥江鄉，設鳥江鎮。

1995年，湖南省實行撤區并鄉建鎮。是年4月，省民政廳批復,撤銷河洲、歸陽、金橋、過水坪、雙橋、白地市、黃土鋪、步云橋、蔣家橋、太和堂、洪橋等11個區建制，保留馬杜橋、鳳歧坪、城連墟、四明山等4個鄉的行政區劃，將其余59個鄉鎮并為16個鎮、3個鄉（糧市、石亭子、磚塘）。同年5月，省民政廳批準糧市鄉、石亭子鄉、磚塘鄉撤鄉建鎮。全縣改設為23個鄉鎮，其中建制鎮19個、鄉4個。

2014年根據全縣經濟發展需要原洪橋鎮改為洪橋街道、白鶴鋪鎮改為白鶴街道、新設立玉合街道和永昌街道四個街道辦事處；原四明山鄉改立四明山國家森林公園管理處。至此，縣內共有1個管理處、3個鄉、4個街道、17個鎮。

2021年12月，為加強對濕地公園的規劃、建設與管理，掛牌成立了湖南省祁東縣杳湖省級濕地公園管理處。至此，縣內共有2個管理辦事處3個鄉4個街道17個鎮。