市紀委監委設下列內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉工作；籌備組織重要會議、活動；組織起草市紀委市監委有關文件文稿；督促檢查有關工作部署的落實情況等。
（二）組織部。根據干部管理權限，負責全市紀檢監察系統領導班子建設、干部隊伍建設和組織建設的綜合規劃、政策研究、制度建設和業務指導；根據干部管理權限承辦有關干部人事工作；組織和指導全市紀檢監察系統干部教育培訓工作；負責本單位離退休人員管理服務工作等。
（三）宣傳部。負責組織協調全市全面從嚴治黨、黨風廉政建設和反腐敗宣傳教育以及廉潔文化建設工作；負責機關的新聞事務和有關網絡信息工作等。
（四）政策法規室。負責綜合分析全市全面從嚴治黨、黨風廉政建設和反腐敗工作情況，開展政策理論及重大課題調查研究；起草重要文件文稿；負責提出全市紀檢監察制度建設計劃和立法立規建議；起草、修改全市紀檢監察制度規定；參與起草制定本市相關法規和規范性文件；負責全市紀檢監察制度規定的咨詢答復、解釋指導、立法立規后評估、備案審查、清理、編纂等。
（五）黨風政風監督室。負責綜合協調全市貫徹執行黨的路線方針政策和決議、法律法規等情況的監督檢查；綜合協調黨的政治紀律和政治規矩執行；綜合協調貫徹落實中央八項規定精神和省委、市委有關作風建設規定、糾正“四風”工作、整治群眾身邊和扶貧領域的腐敗和作風問題；綜合協調黨內監督、問責等方面工作等。
（六）信訪室。負責受理對黨的組織、黨員違反黨紀行為和對行使公權力的公職人員職務違法、職務犯罪行為等的檢舉、控告；受理黨員對市紀委作出的黨紀處分或者其他處理不服的申訴、監察對象對市監委作出的涉及本人的處理決定不服的復審申請；綜合分析信訪舉報情況；指導全市紀檢監察系統的信訪舉報工作；接待群眾來訪，處理群眾來信和電話網絡舉報事項等。
（七）案件監督管理室。負責對監督檢查、審查調查工作全過程進行監督管理，履行線索管理、組織協調、監督檢查、督促辦理、統計分析等職責；統一受理有關單位移交的相關問題線索以及下級紀檢監察機關線索處置和案件查辦報告；歸口管理審查調查有關協調事項；對審查調查措施使用進行監督管理，監督檢查紀檢監察機關依紀依法安全辦案情況等。
（八）第一至第五監督檢查室。主要履行依紀依法監督的職責。監督檢查聯系單位（地區）領導班子及市管干部遵守和執行黨的章程和其他黨內法規，遵守和執行黨的路線方針政策和決議、國家法律法規，推進全面從嚴治黨，依法履職、秉公用權、廉潔從政從業以及道德操守等方面的情況；監督檢查聯系單位（地區）黨委（黨組）落實管黨治黨主體責任的情況，指導、檢查、督促紀委監委（派駐、派出機構）落實紀檢、監察責任，實施問責；向監察對象所在單位提出監察建議；綜合分析研判問題線索，按程序提出處置意見或移交審查調查室；綜合、協調、指導聯系單位（地區）及其系統的紀檢監察工作等。
（九）第六至第十審查調查室。主要履行執紀審查和依法調查處置的職責。承辦涉嫌嚴重違紀或者職務違法、職務犯罪問題線索的初步核實和立案審查調查，以及其他比較重要或者復雜案件的初步核實、審查調查，并提出處理建議；向監察對象所在單位提出監察建議；可以辦理下一級監察機關管轄范圍內的監察事項，必要時也可以辦理所轄各級監察機關管轄范圍內的監察事項等。
第九審查調查室加掛問責工作辦公室牌子（簡稱問責辦），主要承辦履行職責不力、失職失責方面涉嫌嚴重違紀或者職務違法、職務犯罪問題線索的初步核實和立案審查調查等。
第十審查調查室加掛衡陽市委反腐敗協調小組國際追逃追贓工作辦公室牌子（簡稱市追逃辦），在履行執紀審查和依法調查處置職責的同時，履行反腐敗國際追逃追贓職責等。
（十）案件審理室。負責審理市紀委市監委直接審查調查和縣（處）級黨的組織、紀檢監察機關報批或者備案的違反黨紀和職務違法、職務犯罪案件；承辦黨員對市紀委作出的黨紀處分或者其他處理不服的申訴案件、監察對象對市監委作出的涉及本人的處理決定不服的申請復審案件等。
（十一）紀檢監察干部監督室。負責監督檢查全市紀檢監察系統干部遵守和執行黨的章程和其他黨內法規，遵守和執行黨的路線方針政策和決議、國家法律法規等方面的情況；受理對市有關紀檢監察領導干部涉嫌違反黨紀、職務違法和職務犯罪等問題的舉報，提出處置意見并負責問題線索初步核實及立案審查調查工作等。
（十二）信息技術保障室。負責市紀委市監委機關保密工作；負責對市紀委市監委監督檢查、審查調查工作的技術保障服務；負責全市紀檢監察系統信息化建設、普通密碼管理工作等。
（十三）機關黨委。負責機關、直屬事業單位和市委巡察機構黨群工作。
派駐派出機構
市紀委監委派駐紀檢監察組（27個）
駐市委辦公室紀檢監察組
駐市委組織部紀檢監察組
駐市委宣傳部紀檢監察組
駐市委統戰部紀檢監察組
駐市委政法委紀檢監察組
駐市人大常委會機關紀檢監察組
駐市政府辦紀檢監察組
駐市政協機關紀檢監察組
駐市發改委紀檢監察組
駐市教育局紀檢監察組
駐市公安局紀檢監察組
駐市民政局紀檢監察組
駐市財政局紀檢監察組
駐市人社局紀檢監察組
駐市自然資源和規劃局紀檢監察組
駐市生態環境局紀檢監察組
駐市住建局紀檢監察組
駐市交通局紀檢監察組
駐市農業農村局紀檢監察組
駐市文化旅游廣電體育局紀檢監察組
駐市衛生健康委員會紀檢監察組
駐市退役軍人事務局紀檢監察組
駐市應急管理局紀檢監察組
駐市國資委紀檢監察組
駐市市場監督管理局紀檢監察組
駐市中級人民法院紀檢監察組
駐市檢察院紀檢監察組
市紀委監委派出機構（5個）
市直機關紀檢監察工委
高新區紀工委
松木經開區紀工委
綜保區紀工委
耒陽經開區紀工委
